Le jour où l'AFC m'a demandé mes factures — ce que j'aurais dû préparer

Imaginez : un courrier recommandé arrive un matin. L'AFC vous informe d'un contrôle TVA et vous demande de produire toutes vos factures émises et reçues sur les trois dernières années. Vous avez 30 jours.

Ce scénario arrive chaque année à des centaines d'entreprises suisses, souvent sans avertissement préalable. Ce n'est pas nécessairement le signe d'un problème — l'AFC procède à des contrôles de routine. Mais être mal préparé peut transformer un audit simple en redressement fiscal coûteux.

Ce que l'AFC vérifie en priorité

Un inspecteur de l'AFC qui examine vos factures recherche principalement :

1. Les mentions obligatoires sur chaque facture

• Nom et adresse du fournisseur
• Numéro de TVA (IDE) du fournisseur
• Nom et adresse du destinataire
• Date de la facture
• Description précise des prestations
• Montant HT, taux de TVA, montant TVA, total TTC
• Numéro de facture séquentiel

Une facture qui manque l'une de ces mentions peut être rejetée, ce qui signifie que vous ne pouvez pas déduire la TVA correspondante.

2. La continuité de la numérotation

Les numéros de factures doivent être séquentiels et sans lacune. Un inspecteur qui constate des trous dans la numérotation (facture 1045 suivie de 1048, sans explication) peut en déduire des omissions. En cas de doute, l'AFC peut estimer le chiffre d'affaires manquant.

3. La cohérence avec vos déclarations TVA

L'AFC compare le total de vos factures émises avec les montants que vous avez déclarés trimestriellement ou semestriellement. Un écart — même involontaire — déclenche des questions, voire un redressement.

Ce qui pose souvent problème

À travers les contrôles, certains problèmes reviennent régulièrement chez les indépendants et petites PME :

• Factures Word ou Excel non archivées : un fichier supprimé par erreur, un disque dur en panne — et les justificatifs disparaissent.
• Numérotation non séquentielle : les outils manuels ne forcent pas la séquence.
• Numéro TVA absent : oubli fréquent sur les premières factures après l'assujettissement.
• TVA au mauvais taux : confusion entre le taux normal (8,1 %), le taux spécial (3,8 % pour l'hôtellerie) et le taux réduit (2,6 % pour les denrées alimentaires, livres, etc.).

Se préparer sans stresser

La meilleure protection contre un contrôle AFC, c'est une gestion rigoureuse au quotidien. Voici les habitudes qui font la différence :

• Utiliser un logiciel qui numérote les factures automatiquement et séquentiellement
• Archiver chaque facture dans un système numérique fiable, avec sauvegarde automatique
• Conserver aussi les factures reçues (fournisseurs), qui justifient vos déductions TVA
• Réconcilier régulièrement vos déclarations TVA avec vos factures émises